KORONAVIRUS V SLOVENIJI
Žal ni dobra novica za Slovenijo: to razkrivajo vaši izločki
V odplakah že nekaj časa spremljajo prisotnost virusa sars-cov-2, v zadnjem času pa opažajo naraščanje pravzaprav povsod, kjer meritve opravljajo. Več o postopku in kako interpretirati rezultate njihovih meritev nam je zaupal Anže Županič z Nacionalnega inštituta za biologijo.
Odpri galerijo
Koliko virusa sars-cov-2 je med nami? En način je iskanje pozitivnih primerov s testiranjem posameznikov (hitri testi in testi po metodi), a težko je najti vse posameznike, saj so med njimi tudi takšni, ki simptomov nimajo. Poleg tega smo metodo testiranj od začetka že večkrat spreminjali, zaradi česar je težko primerjati pretekle rezultate. (Na začetku se je testiralo samo tiste s simptomi, potem so iz testiranj izločili ožje družinske člane iz istega gospodinjstva, pa so jih vrnili nazaj, nato se je vpeljalo hitre teste, s katerimi testiramo še zdravo populacijo; vse z namenom odkriti tudi druge pozitivne ljudi, ki imajo morebiti blage simptome ali jih sploh nimajo, pa bi virus lahko prenašali). Obstaja pa še drug način, kako ugotoviti, kako razširjen je virus v populaciji – prek odplak. Prednost te metode je tudi, da je že od začetka uporabe praktično nespremenjena.
Meritve prisotnosti virusa sars-cov-2 v odplakah izvaja Nacionalni inštitut za biologijo, več o tem pa nam je pojasnil Anže Županič, z oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo, ki je odgovoren tudi za sodelovanje s sledilnikom covida 19 (na njihovi spletni strani vidimo grafe, ki so nastali na podlagi meritev, spodaj ga bomo tudi predstavili).
Meritve izvajajo na čistilni napravi Ljubljani trikrat tedensko, drugje enkrat tedensko. Iz podatkov sledilnika covida 19 je razvidno, da jih poleg prestolnice izvajajo še na čistilnih napravah Celje, Domžale - Kamnik, Koper, Kranj, Maribor in Šaleška dolina. Trenutni rezultati niso najbolj spodbudni: »V zadnjem času bi rekel, da smo rast zaznali skoraj povsod, vendar je ta rast še vedno v mejah naše merilne napake. To pomeni, da je trend na žalost naraščajoč, sicer ne zelo, ampak blago, in bo treba spremljati naslednje meritve. Če bosta naslednji dve znova višji kot predhodne, potem bi to definitivno kazalo, da narašča količina virusa v obtoku.«
Dejstvo je, da čistilne naprave pokrivajo relativno velika območja in precejšnjo populacijo, medtem ko s kliničnim testiranjem odstranjujemo dejanske prenašalce nevarnega virusa, zato nas je zanimalo, ali bi te meritve bilo mogoče izvajati bolj lokalno (če bi se na nekem območju zaznalo več prisotnosti virusa, bi se lahko ukrepe sprejemalo bistveno bolj lokalno). Županič je pojasnil, da pravzaprav že nekaj časa izvajajo monitoring na domu za starejše občane v Medvodah in Osnovni šoli Dragomelj: »Izvajamo in redno sporočamo rezultate, ki pa so bili v zadnjih mesecih vedno negativni. Trenutno tam ne moremo govoriti o trendih, ker virusa preprosto nismo zaznali. Ko pa so bile v DSO okužbe v lanskem letu, smo tam virus zaznali in se je dobro ujemalo. To pomeni, da smo tudi na manjšem področju, kot je DSO, dobili rezultate primerljive s kliničnim testiranjem.«
V Sloveniji se v zadnjih tednih testira na desettisoče ljudi dnevno. Katera metoda, klinična ali tista v odplakah, prej pokaže naraščanje ali upadanje okužb? »Naši rezultati kažejo, da smo verjetno pri naraščanju virusa v odpadnih vodah malce hitrejši kot pri kliničnih testiranjih, ampak to bi bilo uporabno, če bi mi res pogosto merili količino virusa v odpadnih vodah. Trenutno v monitoringu meritev še ne opravljamo dovolj pogosto, da bi jih lahko sproti interpretirati,« pojasnjuje Županič. Dodal je, da njihova metoda s tega vidika seveda ni konkurenčna klinični, a da ima nekatere prednosti: »Naš režim testiranja se ne spreminja, vedno testiramo odpadno vodo, ni tako, da enkrat pošljemo več ljudi, enkrat manj, nismo občutljivi na režim testiranja, po drugi strani pa je tudi metoda precej cenejša: en test namesto več tisoč.« Med prednostmi navajajo tudi to, da so pri testiranju prisotnosti virusa v odplakah vključeni tudi tisti, ki simptomov nimajo in se morebiti ne bi nikoli testirali, vseeno pa izločajo virus v odplake. Županič sicer priznava, da so klinični podatki trenutno veliko bolj kakovostni, a da so še vedno njihove meritve komplementarne temu, kar se ugotovi prek kliničnega testiranja. Svoja spoznanja približno na tedenski ravni sporočajo tudi svetovalni skupini, ki jih torej pozna in jih lahko vključi v proces odločevanja.
Sogovornik z Nacionalnega inštituta za biologijo je razkril še, da sodelujejo tudi z Evropsko komisijo pri pripravi bolj vseevropskih načrtov za monitoring virusa v odpadnih vodah: »Računamo, da se bodo zadeve na tem nivoju popravile in da bo v prihodnosti postal eno glavnih epidemioloških orodij, ne samo za ta virus ampak tudi za druge bodoče viruse.«
Meritve prisotnosti virusa sars-cov-2 v odplakah izvaja Nacionalni inštitut za biologijo, več o tem pa nam je pojasnil Anže Županič, z oddelka za biotehnologijo in sistemsko biologijo, ki je odgovoren tudi za sodelovanje s sledilnikom covida 19 (na njihovi spletni strani vidimo grafe, ki so nastali na podlagi meritev, spodaj ga bomo tudi predstavili).
Najprej naj razčistimo pojem, kaj so odpadne vode. To so tiste vode, ki pridejo iz gospodinjstev, lahko tudi industrijske odplake, v primeru večjih padavin pa se jim lahko pridružijo še meteorne vode. Pomembno pri tem je, da se ljudje virusa iz telesa znebimo na enak način, to je prek izločil, in tako se ta znajde v odplakah. Strokovnjaki na tem področju so ugotovili, da bi prisotnost virusa lahko merili tudi na ta način. Tako že od srede septembra lani na čistilni napravi Ljubljana spremljajo količino virusa v odplakah. »Mi v resnici merimo prisotnost RNA-genov virusa (N1 in N2) z metodo qPCR, merimo torej samo prisotnost RNA, zelo podobno kot v kliničnih PCR-testih.« Glede na to, da teste izvajajo že praktično pol leta, ugotavljajo, da se njihovi rezultati precej dobro ujemajo z rezultati kliničnih testiranj. Županič je pojasnil, da se pri njihovih meritvah ne interpretira vsake posamezne meritve, ampak se za isto čistilno napravo vedno pogleda trend spreminjanja, ki ga napoveduje zadnjih nekaj meritev.
Zanimivost: kako padavine vplivajo na meritve
»Ob velikih padavinah imamo lahko precejšnje težave,« priznava Anže Županič iz Nacionalnega inštituta za biologijo. V zadnjih treh mesecih so zato začeli uporabljati metodo normalizacije podatkov, kjer uporabljajo prisotnost še enega drugega virusa v teh istih odpadnih vodah. »V bistvu normaliziramo količino virusa sars-cov-2 s tem drugim virusom, ki se imenuje PMMoV in je tudi prisoten v človeških prebavilih. Metorne vode razredčijo oba virusa, in s tem ko normaliziramo, se lahko tega vpliva na neki način znebimo.« A v ekstremnih pogojih, ko se nebo res odpre, jim tudi to ne pomaga, zato občasno kakšno meritev, za katero ocenijo, da ni dovolj zanesljiva, tudi zavržejo.
»Ob velikih padavinah imamo lahko precejšnje težave,« priznava Anže Županič iz Nacionalnega inštituta za biologijo. V zadnjih treh mesecih so zato začeli uporabljati metodo normalizacije podatkov, kjer uporabljajo prisotnost še enega drugega virusa v teh istih odpadnih vodah. »V bistvu normaliziramo količino virusa sars-cov-2 s tem drugim virusom, ki se imenuje PMMoV in je tudi prisoten v človeških prebavilih. Metorne vode razredčijo oba virusa, in s tem ko normaliziramo, se lahko tega vpliva na neki način znebimo.« A v ekstremnih pogojih, ko se nebo res odpre, jim tudi to ne pomaga, zato občasno kakšno meritev, za katero ocenijo, da ni dovolj zanesljiva, tudi zavržejo.
Kaj kažejo trenutni trendi?
Meritve izvajajo na čistilni napravi Ljubljani trikrat tedensko, drugje enkrat tedensko. Iz podatkov sledilnika covida 19 je razvidno, da jih poleg prestolnice izvajajo še na čistilnih napravah Celje, Domžale - Kamnik, Koper, Kranj, Maribor in Šaleška dolina. Trenutni rezultati niso najbolj spodbudni: »V zadnjem času bi rekel, da smo rast zaznali skoraj povsod, vendar je ta rast še vedno v mejah naše merilne napake. To pomeni, da je trend na žalost naraščajoč, sicer ne zelo, ampak blago, in bo treba spremljati naslednje meritve. Če bosta naslednji dve znova višji kot predhodne, potem bi to definitivno kazalo, da narašča količina virusa v obtoku.«
Dejstvo je, da čistilne naprave pokrivajo relativno velika območja in precejšnjo populacijo, medtem ko s kliničnim testiranjem odstranjujemo dejanske prenašalce nevarnega virusa, zato nas je zanimalo, ali bi te meritve bilo mogoče izvajati bolj lokalno (če bi se na nekem območju zaznalo več prisotnosti virusa, bi se lahko ukrepe sprejemalo bistveno bolj lokalno). Županič je pojasnil, da pravzaprav že nekaj časa izvajajo monitoring na domu za starejše občane v Medvodah in Osnovni šoli Dragomelj: »Izvajamo in redno sporočamo rezultate, ki pa so bili v zadnjih mesecih vedno negativni. Trenutno tam ne moremo govoriti o trendih, ker virusa preprosto nismo zaznali. Ko pa so bile v DSO okužbe v lanskem letu, smo tam virus zaznali in se je dobro ujemalo. To pomeni, da smo tudi na manjšem področju, kot je DSO, dobili rezultate primerljive s kliničnim testiranjem.«
Kako beremo graf
Zgoraj predstavljamo graf sledilnika covida 19 o izmerjenih količinah virusa v odplakah (po posamezni čistilni napravi se premikajte s klikom na gumb pod grafom). Če vas zanima samo prisotnost virusa v odplakah, potem posvetite pozornost vijoličastim kvadratom (gen N2) in roza krogom (gen N1). Opazimo, da vrednosti niso enake. Zakaj? Županič pojasni, da gre za dve različni meritvi, za dva različna gena, ki načelno sovpadata: »Zaradi same metode in ker je malo večja merilna negotovost, se navadno malo razlikujeta.«
Za primerjavo so na grafu narisane še črte sedemdnevnega povprečja in aktivni primeri za to območje (seštevek iz občin, ki jih pokriva posamezna čistilna naprav). Kot je sogovornik opozoril že prej, opazovalec pri teh grafih ne gleda le ene vrednosti, temveč več zaporednih, iz katerih se nato lahko sklepa o trendu.
Zgoraj predstavljamo graf sledilnika covida 19 o izmerjenih količinah virusa v odplakah (po posamezni čistilni napravi se premikajte s klikom na gumb pod grafom). Če vas zanima samo prisotnost virusa v odplakah, potem posvetite pozornost vijoličastim kvadratom (gen N2) in roza krogom (gen N1). Opazimo, da vrednosti niso enake. Zakaj? Županič pojasni, da gre za dve različni meritvi, za dva različna gena, ki načelno sovpadata: »Zaradi same metode in ker je malo večja merilna negotovost, se navadno malo razlikujeta.«
Za primerjavo so na grafu narisane še črte sedemdnevnega povprečja in aktivni primeri za to območje (seštevek iz občin, ki jih pokriva posamezna čistilna naprav). Kot je sogovornik opozoril že prej, opazovalec pri teh grafih ne gleda le ene vrednosti, temveč več zaporednih, iz katerih se nato lahko sklepa o trendu.
Ali zaznavanje virusa v odplakah prehiteva klinično metodo?
V Sloveniji se v zadnjih tednih testira na desettisoče ljudi dnevno. Katera metoda, klinična ali tista v odplakah, prej pokaže naraščanje ali upadanje okužb? »Naši rezultati kažejo, da smo verjetno pri naraščanju virusa v odpadnih vodah malce hitrejši kot pri kliničnih testiranjih, ampak to bi bilo uporabno, če bi mi res pogosto merili količino virusa v odpadnih vodah. Trenutno v monitoringu meritev še ne opravljamo dovolj pogosto, da bi jih lahko sproti interpretirati,« pojasnjuje Županič. Dodal je, da njihova metoda s tega vidika seveda ni konkurenčna klinični, a da ima nekatere prednosti: »Naš režim testiranja se ne spreminja, vedno testiramo odpadno vodo, ni tako, da enkrat pošljemo več ljudi, enkrat manj, nismo občutljivi na režim testiranja, po drugi strani pa je tudi metoda precej cenejša: en test namesto več tisoč.« Med prednostmi navajajo tudi to, da so pri testiranju prisotnosti virusa v odplakah vključeni tudi tisti, ki simptomov nimajo in se morebiti ne bi nikoli testirali, vseeno pa izločajo virus v odplake. Županič sicer priznava, da so klinični podatki trenutno veliko bolj kakovostni, a da so še vedno njihove meritve komplementarne temu, kar se ugotovi prek kliničnega testiranja. Svoja spoznanja približno na tedenski ravni sporočajo tudi svetovalni skupini, ki jih torej pozna in jih lahko vključi v proces odločevanja.
Sogovornik z Nacionalnega inštituta za biologijo je razkril še, da sodelujejo tudi z Evropsko komisijo pri pripravi bolj vseevropskih načrtov za monitoring virusa v odpadnih vodah: »Računamo, da se bodo zadeve na tem nivoju popravile in da bo v prihodnosti postal eno glavnih epidemioloških orodij, ne samo za ta virus ampak tudi za druge bodoče viruse.«