KORONAVIRUS
Zapis, ki se kot ogenj širi med Slovenci: obračunala je s teoretiki zarot
Danes nekateri dvomijo o testiranju na novi koronavirus, kot so nekoč »eminentni strokovnjaki med neuporabne izume uvrščali železnico, telefon, žarnico, letalo, avtomobil, kino, radio, zvočni film, televizijo, internet …«.
Odpri galerijo
V zapisu je pojasnila, kako poteka analiza vzorcev. FOTO: Voranc Vogel
Med Slovenci se te dni deli zapis na spletnih omrežjih, v katerem avtorica odgovarja na teorije zarote o novem koronavirusu, še posebej glede PCR-testiranj. »Za vse, ki vas korona situacija dela živčne, tole branje enostavno preskočite,« sicer svetuje na začetku.
Njen zapis objavljamo v celoti (nelektorirano):
Zadnje čase beremo o 1000 in še eni teoriji zarote v povezavi z novim koronavirusom in boleznijo Covid-19. Mene najbolj zabolijo tiste, ki na preizkušnjo postavljajo PCR testiranje.
Teorija 1. Pozitiven rezultat na testu PCR ne pomeni bolezni!
Molekularni test, pozitiven za SARS-CoV-2, res ne pomeni enako kot bolezen.
Nikoli ne moremo govoriti o bolezni, če imamo samo pozitiven rezultata testiranja.
O bolezni govorimo, ko se pojavijo bolezenski simptomi/znaki. V primeru pozitivnega testa brez bolezenskih znakov/ simptomov pa govorimo o asimptomatski okužbi ali pa o nosilstvu. Npr.: veliko ljudi ima v žrelu bakterijo Streptococcus pyogenes brez znakov bolezni, ker jo telo tolerira. Ko nosilci to bakterijo prenesejo na dovzetno osebo, bo ta zbolela za angino. Podobno je lahko tudi pri novem koronavirusu. Pri pozitivnem SARS-CoV-2 testu v odsotnosti simptomov govorimo o bodisi predsimptomatski (=pred simptomi) bodisi asimptomatski (=brez simptomov) okužbi. V prvem primeru smo okužbo zaznali še pred nastopom simptomov, ki se bodo razvili v nekaj dneh. Pri asimptomatski okužbi pa bo okužba minila brez bolezenskih znakov. V vsakem primeru ima taka oseba virus na sluznici nosno-žrelnega prostora. Virus lahko tedaj pri govorjenju, petju, kašljanju zelo hitro prenese na druge ljudi. To pomeni, da so vsi pozitivni rezultati na novi koronavirus izjemno pomembni, da prekinemo verigo prenosa, preden virus doseže ranljive skupine.
Teorija 2. V laboratoriju ne znajo ločiti virusov. Vse prehlade se pripisuje SARS-CoV-2. Gripe kar naenkrat ni več.
Molekularni test (PCR) je najbolj zanesljiv izmed vseh oblik testov za dokazovanje virusnih okužb in zelo dobro loči viruse med sabo. Ne samo, da ločimo SARS-CoV-2 od prehladnih koronavirusov (HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63...), ločujemo še bolj ozko sorodne viruse. Npr.: Ko nekdo zboli za gripo in potrebuje bolnišnično zdravljenje, mu določimo tip gripe (A ali B), pri gripi A pa celo podtip (H1N1, H3N2)... Vse to s PCR testiranjem.
Virusi različnih vrst se namreč razlikujejo po genomu in lahko izberemo gene, ki so edinstveni samo za posamezno vrsto virusa. Ko poznamo zaporedje nukleotidov v dednini virusa, lahko izberemo tiste predele, ki jih ima samo ta virus in noben drug na Zemlji.
Z usmerjanjem PCR testa na gene, ki jih ima samo novi koronavirus, zagotovimo, da test PCR slučajno ne prepozna sorodnega virusa (npr. starih koronavirusov) ali drugih virusov, ki povzročajo prehladna obolenja (npr. rinovirusov, RSV...) kot SARS-CoV-2 in se izognemo situaciji, ko bi pri človeku z običajnim prehladnim obolenjem lažno dokazali novi koronavirus. Poleg tega se v vsakem vzorcu dokazuje več genov iskanega virusa. Pri novem koronavirusu dokazujemo 2 do 4 gene (odvisno od testa). Na vsakem od teh genov mora test prepoznati 3 zaporedja v dolžini cca 20 nukleotidov. S tem, ko imamo toliko ujemanj z dednino novega koronavirusa v vzorcu, lahko zagotovo trdimo, da je v vzorcu točno ta virus. »Lovke« v PCR testu, ki iščejo koronavirusne označevalce, se ne ujemajo z geni drugih virusov in napačen rezultat je skrajno malo verjeten.
Prav tako ni res, da ta trenutek ni drugih virusov. Pri zelo ogroženih bolnikih in otrocih, ki rabijo bolnišnično zdravljenje zaradi respiratornega obolenja, vedno iščemo vse možne povzročitelje okužbe. Najbolj pogosti drugi virusi so trenutno rinovirusi in adenovirusi. Splošne populacije, ki je prehlajena in negativna na SARS-CoV-2, ne testiramo na vse povzročitelje okužbe, če pri njih ne pričakujemo zapletov okužbe.
Drži, da trenutno gripa ne razsaja in je pri nas ni. Vendar je severno od ekvatorja v oktobru v zadnjem stoletju tudi ni bilo. Zakaj bi se potem morali sedaj cepiti proti gripi? Cepiti se moramo preden začne razsajati, ker telo po cepljenju potrebuje rabi še 2-3 tedne, da se vzbudi imunski odziv proti virusom gripe. Šele potem se je imunski sistem zmožen aktivirati takoj, ko pride v stik z nadležnim virusom. Kakšen problem bo predstavljala gripa to sezono, ne vemo. Ampak ob masovnem cepljenju proti gripi (prva dobava cepiva je že pošla), distanci in uporabi mask, mogoče ne bo hudo. Namreč zaščitni ukrepi proti širjenju novega koronavirusa so učinkoviti tudi za prekinitev širjenja gripe, hkrati pa je virus gripe manj nalezljiv in se širi počasneje kot SARS-CoV-2.
Teorija 3. Laboratoriji ne opravijo objavljenega števila testov, ker tako velikega števila brisov ni mogoče analizirati v enem dnevu.
Na socialnih omrežjih se vrstijo objave, v katerih je opisan postopek PCR reakcije kot tudi ekstrakcije virusne nukleinske kisline (osamitev virusne NK iz virusa). Res je, da celotna analiza vzorca traja cca 4 ure. Zavedati pa se moramo, da se ti postopki ne izvajajo ročno ter da en analizator procesira do 96 vzorcev naenkrat. Natančno število vzorcev, ki jih je možno analizirati naenkrat je odvisno od sistemov, ki jih laboratorij uporablja in njihovega števila.
To najenostavneje ponazorimo s primerjavo s peko piškotov. Lahko pečeš en po en piškot ves ljubi dan ali pa si omisliš pekač in jih pečeš 30 hkrati. Več kot piškotov rabiš speči naenkrat, večji pladenj izbereš. Če pečeš samo en piškot ali nekaj piškotov, je delo opravljeno relativno hitro. Če jih pečeš zelo veliko, že nastanejo zastoji pri ročni obdelavi, prestavljanju, zlaganju, pregledovanju kakovosti, premajhnem robotu za gnetenje, premajhnem pekaču. Pečica pa peče piškote enako dolgo, če imaš notri en piškot ali cel pekač.
Kaj naredimo, če imamo premajhen pekač? Kupimo več pečic. Npr.: Največji južnokorejski laboratorij SCL lahko dnevno analizira do 10.000 brisov, kar je nazorno posneto v spodnjem videu pri minuti 1:28. Slovenski laboratoriji imamo samo po nekaj analizatorjev, medtem ko jih v tem laboratoriju zlagajo v regale kot vložene kumarice. Ta laboratorij je tako zmogljiv, da so vanj v 1. valu z letali vozili brise iz drugih držav, ki niso zmogle testiranja, npr. Finska.
https://www.youtube.com/watch?v=Ubo2T8EJEtc
Res pa je, da danes vse Ane, Barbare, Davidi, Brigite, Saleti…, ki analizirajo vzorce za SARS-CoV-2, delajo na meji svojih zmožnosti. Za nameček pa so še deležni posmeha ali pa se njihovo delo pripisuje epidemiologom. Vsi, ki opazujemo dogajanje z distance, bi jim morali biti, kot tudi vsem drugim zdravstvenim delavcem (medicinskim sestram, zdravnikom, negovalcem v DSO-jih…), neskončno hvaležni, ker naše zdravje postavljajo pred svoje.
Teorija 4. Zakaj se jemlje globoki bris nosu in ne bris žrela?
Nosno-žrelni prostor je najprimernejše mesto za odvzem brisa, saj rezultati velike večine raziskav kažejo, da bris tega mesta daje bolj zanesljive rezultate kot samo bris žrela skozi usta. Ko se okužba začne, se virus razmnožuje na sluznici zgornjih dihal, in količine virusne dednine naraščajo. Zaznamo jo lahko v različnih vzorcih (brisih, slini, blatu). Vendar želimo izbrati mesto vzorčenja, na katerem je največ virusa, in tako zagotoviti največjo možno verjetnost dokaza virusa čimbolj zgodaj v poteku okužbe. Zato je izbira odvzemnega mesta pomembna. S testiranjem želimo odkriti vse okužene osebe, tudi tiste, ki imajo zaenkrat še manjše količine virusa na sluznicah zgornjih dihal. Če bi izbrali neprimerno odvzemno mesto, bi spregledali okužene osebe, ki bodo večje količine virusa pričeli sproščati nekaj dni po testu. Več v spodnjih publikacijah:
https://www.who.int/.../diagnostic-testing-for-sars-cov-2
https://www.frontiersin.org/.../10.3389/fmed.2020.00334/full
Teorija 5. Izumitelj tehnike PCR Kary Mullis je trdil, da PCR ni primeren za diagnostiko.
Sploh ni pomembno, ali je to rekel. Mullis je dobil genialno zamisel, ki se vsekakor vredna Nobelove nagrade. Reakcija PCR v izvirni različici res ni bila primerna za diagnostiko, ker je bila premalo specifična, je zelo rada nagajala, bila mukotrpna za izvedbo in nevarna za zdravje laborantov. Včasih je pridelala pozitivne rezultate, kar sama od sebe. Ampak od tistih časov do danes je tehnika PCR prestala neskončno izboljšav, ki so posledica genialnosti in velikih naporov številnih drugih kemikov, biokemikov in biotehnologov. Primerjava PCR testov takrat in danes, je kot bi primerjali prvi model in zadnji model mercedesa. Tudi prvemu mercedesu ne bi zaupali, da vas bo zanesljivo pripeljal na morje. Danes ta tehnologija rešuje življenja, saj je nepogrešljiva pri diagnostiki in razvoju zdravil. Njegovo trditev danes lahko obujamo v istem stavku kot trditve nekoč eminentnih strokovnjakov, ki so med neuporabne izume uvrščali železnico, telefon, žarnico, letalo, avtomobil, kino, radio, zvočni film, televizijo, internet …
Dajmo se potem tudi za te izume pustiti prepričati, da so neuporabni.
PCR- oz. molekularno testiranjeTemelji na tehnologiji verižne reakcije s polimerazo (angl. polymerase chain reaction – PCR).
Posamezniku vzamejo bris iz nosnega dela žrela, nato pa ga v laboratoriju testirajo in majhne količine genskega materiala (dednine) v vzorcu (npr. RNK-virusa v brisu nosu) pomnožujejo do zaznavnih količin. Logika PCR-preiskave je, da majhnih količin dednine virusa v vzorcu ne moremo zaznati, po pomnoževanju do velikih količin pa to lahko.
Gre za zelo občutljive in zelo specifične teste, kar pomeni, da zaznajo izredno majhne količine virusa in zelo dobro razlikujejo med novim koronavirusom in starimi koronavirusi, ki so tudi v populaciji. Tudi ti testi niso 100-odstotno zanesljivi, a so najboljše, kar je trenutno na voljo, je nedavno za STA pojasnila vodja oddelka za mikrobiološke raziskave v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) Maja Rupnik.
Posamezniku vzamejo bris iz nosnega dela žrela, nato pa ga v laboratoriju testirajo in majhne količine genskega materiala (dednine) v vzorcu (npr. RNK-virusa v brisu nosu) pomnožujejo do zaznavnih količin. Logika PCR-preiskave je, da majhnih količin dednine virusa v vzorcu ne moremo zaznati, po pomnoževanju do velikih količin pa to lahko.
Gre za zelo občutljive in zelo specifične teste, kar pomeni, da zaznajo izredno majhne količine virusa in zelo dobro razlikujejo med novim koronavirusom in starimi koronavirusi, ki so tudi v populaciji. Tudi ti testi niso 100-odstotno zanesljivi, a so najboljše, kar je trenutno na voljo, je nedavno za STA pojasnila vodja oddelka za mikrobiološke raziskave v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano (NLZOH) Maja Rupnik.
Njen zapis objavljamo v celoti (nelektorirano):
Zadnje čase beremo o 1000 in še eni teoriji zarote v povezavi z novim koronavirusom in boleznijo Covid-19. Mene najbolj zabolijo tiste, ki na preizkušnjo postavljajo PCR testiranje.
Teorija 1. Pozitiven rezultat na testu PCR ne pomeni bolezni!
Molekularni test, pozitiven za SARS-CoV-2, res ne pomeni enako kot bolezen.
Nikoli ne moremo govoriti o bolezni, če imamo samo pozitiven rezultata testiranja.
O bolezni govorimo, ko se pojavijo bolezenski simptomi/znaki. V primeru pozitivnega testa brez bolezenskih znakov/ simptomov pa govorimo o asimptomatski okužbi ali pa o nosilstvu. Npr.: veliko ljudi ima v žrelu bakterijo Streptococcus pyogenes brez znakov bolezni, ker jo telo tolerira. Ko nosilci to bakterijo prenesejo na dovzetno osebo, bo ta zbolela za angino. Podobno je lahko tudi pri novem koronavirusu. Pri pozitivnem SARS-CoV-2 testu v odsotnosti simptomov govorimo o bodisi predsimptomatski (=pred simptomi) bodisi asimptomatski (=brez simptomov) okužbi. V prvem primeru smo okužbo zaznali še pred nastopom simptomov, ki se bodo razvili v nekaj dneh. Pri asimptomatski okužbi pa bo okužba minila brez bolezenskih znakov. V vsakem primeru ima taka oseba virus na sluznici nosno-žrelnega prostora. Virus lahko tedaj pri govorjenju, petju, kašljanju zelo hitro prenese na druge ljudi. To pomeni, da so vsi pozitivni rezultati na novi koronavirus izjemno pomembni, da prekinemo verigo prenosa, preden virus doseže ranljive skupine.
Teorija 2. V laboratoriju ne znajo ločiti virusov. Vse prehlade se pripisuje SARS-CoV-2. Gripe kar naenkrat ni več.
Molekularni test (PCR) je najbolj zanesljiv izmed vseh oblik testov za dokazovanje virusnih okužb in zelo dobro loči viruse med sabo. Ne samo, da ločimo SARS-CoV-2 od prehladnih koronavirusov (HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63...), ločujemo še bolj ozko sorodne viruse. Npr.: Ko nekdo zboli za gripo in potrebuje bolnišnično zdravljenje, mu določimo tip gripe (A ali B), pri gripi A pa celo podtip (H1N1, H3N2)... Vse to s PCR testiranjem.
Virusi različnih vrst se namreč razlikujejo po genomu in lahko izberemo gene, ki so edinstveni samo za posamezno vrsto virusa. Ko poznamo zaporedje nukleotidov v dednini virusa, lahko izberemo tiste predele, ki jih ima samo ta virus in noben drug na Zemlji.
Z usmerjanjem PCR testa na gene, ki jih ima samo novi koronavirus, zagotovimo, da test PCR slučajno ne prepozna sorodnega virusa (npr. starih koronavirusov) ali drugih virusov, ki povzročajo prehladna obolenja (npr. rinovirusov, RSV...) kot SARS-CoV-2 in se izognemo situaciji, ko bi pri človeku z običajnim prehladnim obolenjem lažno dokazali novi koronavirus. Poleg tega se v vsakem vzorcu dokazuje več genov iskanega virusa. Pri novem koronavirusu dokazujemo 2 do 4 gene (odvisno od testa). Na vsakem od teh genov mora test prepoznati 3 zaporedja v dolžini cca 20 nukleotidov. S tem, ko imamo toliko ujemanj z dednino novega koronavirusa v vzorcu, lahko zagotovo trdimo, da je v vzorcu točno ta virus. »Lovke« v PCR testu, ki iščejo koronavirusne označevalce, se ne ujemajo z geni drugih virusov in napačen rezultat je skrajno malo verjeten.
Prav tako ni res, da ta trenutek ni drugih virusov. Pri zelo ogroženih bolnikih in otrocih, ki rabijo bolnišnično zdravljenje zaradi respiratornega obolenja, vedno iščemo vse možne povzročitelje okužbe. Najbolj pogosti drugi virusi so trenutno rinovirusi in adenovirusi. Splošne populacije, ki je prehlajena in negativna na SARS-CoV-2, ne testiramo na vse povzročitelje okužbe, če pri njih ne pričakujemo zapletov okužbe.
Drži, da trenutno gripa ne razsaja in je pri nas ni. Vendar je severno od ekvatorja v oktobru v zadnjem stoletju tudi ni bilo. Zakaj bi se potem morali sedaj cepiti proti gripi? Cepiti se moramo preden začne razsajati, ker telo po cepljenju potrebuje rabi še 2-3 tedne, da se vzbudi imunski odziv proti virusom gripe. Šele potem se je imunski sistem zmožen aktivirati takoj, ko pride v stik z nadležnim virusom. Kakšen problem bo predstavljala gripa to sezono, ne vemo. Ampak ob masovnem cepljenju proti gripi (prva dobava cepiva je že pošla), distanci in uporabi mask, mogoče ne bo hudo. Namreč zaščitni ukrepi proti širjenju novega koronavirusa so učinkoviti tudi za prekinitev širjenja gripe, hkrati pa je virus gripe manj nalezljiv in se širi počasneje kot SARS-CoV-2.
Pojasnila je, zakaj brise jemljejo iz nosne in ne ustne votline. FOTO: Voranc Vogel
Na socialnih omrežjih se vrstijo objave, v katerih je opisan postopek PCR reakcije kot tudi ekstrakcije virusne nukleinske kisline (osamitev virusne NK iz virusa). Res je, da celotna analiza vzorca traja cca 4 ure. Zavedati pa se moramo, da se ti postopki ne izvajajo ročno ter da en analizator procesira do 96 vzorcev naenkrat. Natančno število vzorcev, ki jih je možno analizirati naenkrat je odvisno od sistemov, ki jih laboratorij uporablja in njihovega števila.
To najenostavneje ponazorimo s primerjavo s peko piškotov. Lahko pečeš en po en piškot ves ljubi dan ali pa si omisliš pekač in jih pečeš 30 hkrati. Več kot piškotov rabiš speči naenkrat, večji pladenj izbereš. Če pečeš samo en piškot ali nekaj piškotov, je delo opravljeno relativno hitro. Če jih pečeš zelo veliko, že nastanejo zastoji pri ročni obdelavi, prestavljanju, zlaganju, pregledovanju kakovosti, premajhnem robotu za gnetenje, premajhnem pekaču. Pečica pa peče piškote enako dolgo, če imaš notri en piškot ali cel pekač.
Kaj naredimo, če imamo premajhen pekač? Kupimo več pečic. Npr.: Največji južnokorejski laboratorij SCL lahko dnevno analizira do 10.000 brisov, kar je nazorno posneto v spodnjem videu pri minuti 1:28. Slovenski laboratoriji imamo samo po nekaj analizatorjev, medtem ko jih v tem laboratoriju zlagajo v regale kot vložene kumarice. Ta laboratorij je tako zmogljiv, da so vanj v 1. valu z letali vozili brise iz drugih držav, ki niso zmogle testiranja, npr. Finska.
https://www.youtube.com/watch?v=Ubo2T8EJEtc
Res pa je, da danes vse Ane, Barbare, Davidi, Brigite, Saleti…, ki analizirajo vzorce za SARS-CoV-2, delajo na meji svojih zmožnosti. Za nameček pa so še deležni posmeha ali pa se njihovo delo pripisuje epidemiologom. Vsi, ki opazujemo dogajanje z distance, bi jim morali biti, kot tudi vsem drugim zdravstvenim delavcem (medicinskim sestram, zdravnikom, negovalcem v DSO-jih…), neskončno hvaležni, ker naše zdravje postavljajo pred svoje.
Teorija 4. Zakaj se jemlje globoki bris nosu in ne bris žrela?
Nosno-žrelni prostor je najprimernejše mesto za odvzem brisa, saj rezultati velike večine raziskav kažejo, da bris tega mesta daje bolj zanesljive rezultate kot samo bris žrela skozi usta. Ko se okužba začne, se virus razmnožuje na sluznici zgornjih dihal, in količine virusne dednine naraščajo. Zaznamo jo lahko v različnih vzorcih (brisih, slini, blatu). Vendar želimo izbrati mesto vzorčenja, na katerem je največ virusa, in tako zagotoviti največjo možno verjetnost dokaza virusa čimbolj zgodaj v poteku okužbe. Zato je izbira odvzemnega mesta pomembna. S testiranjem želimo odkriti vse okužene osebe, tudi tiste, ki imajo zaenkrat še manjše količine virusa na sluznicah zgornjih dihal. Če bi izbrali neprimerno odvzemno mesto, bi spregledali okužene osebe, ki bodo večje količine virusa pričeli sproščati nekaj dni po testu. Več v spodnjih publikacijah:
https://www.who.int/.../diagnostic-testing-for-sars-cov-2
https://www.frontiersin.org/.../10.3389/fmed.2020.00334/full
Teorija 5. Izumitelj tehnike PCR Kary Mullis je trdil, da PCR ni primeren za diagnostiko.
Sploh ni pomembno, ali je to rekel. Mullis je dobil genialno zamisel, ki se vsekakor vredna Nobelove nagrade. Reakcija PCR v izvirni različici res ni bila primerna za diagnostiko, ker je bila premalo specifična, je zelo rada nagajala, bila mukotrpna za izvedbo in nevarna za zdravje laborantov. Včasih je pridelala pozitivne rezultate, kar sama od sebe. Ampak od tistih časov do danes je tehnika PCR prestala neskončno izboljšav, ki so posledica genialnosti in velikih naporov številnih drugih kemikov, biokemikov in biotehnologov. Primerjava PCR testov takrat in danes, je kot bi primerjali prvi model in zadnji model mercedesa. Tudi prvemu mercedesu ne bi zaupali, da vas bo zanesljivo pripeljal na morje. Danes ta tehnologija rešuje življenja, saj je nepogrešljiva pri diagnostiki in razvoju zdravil. Njegovo trditev danes lahko obujamo v istem stavku kot trditve nekoč eminentnih strokovnjakov, ki so med neuporabne izume uvrščali železnico, telefon, žarnico, letalo, avtomobil, kino, radio, zvočni film, televizijo, internet …
Dajmo se potem tudi za te izume pustiti prepričati, da so neuporabni.
